御门听政”，还对内阁进行了重组，各部缺员的情况也逐渐得到改善。同时，为整顿吏治，杜绝党争，万历皇帝开始采取措施缓和与文臣的关系，一方面，当年年底，责令福王就国，并借机缩减宫内及诸藩赏赐花销，国本之争告一段落；另一方面，为了压制刚刚崛起的东林党，以及旧有的宣、昆、齐、楚、浙五党，分化文官集团，万历皇帝以用兵东北为名，设立“军机总理处”处理东北军政要务，后逐渐参与各项军国大事商议，直接对皇帝负责，在人员构成上，名义上以内阁辅臣总领，实则由万历皇帝亲自选拔没有党系背景或党派根基浅的大臣负责主要事务，意在越过被党争左右的内阁，建立一套新的班底，强化中央集权。

    这一改革的最大变化，就是内阁逐渐虚位化，此前缺员的职务也多由皇帝通过军机总理处任命，越来越多寒门出身的官员因此上位，此前以内阁首辅马首是瞻的局面开始扭转，当初被罢免或致仕的沈鲤、王锡爵、李廷机、邹元标等文臣领袖则开始以内阁大学士兼总理大臣、协办大臣的名义同时在军机总理处和内阁办公，杨涟、左光斗等东林中正之士也多有吸收，由此开始，军机总理处备受向往和推崇，党派之争犹如无根之木，逐渐偃旗息鼓。

    经济方面，面对的问题最大，万历皇帝提出所谓“三步走”，一是拿出内帑安抚流民，暂解危机；二是对张居正主政时期制定的政策重新审视，尤其是对“两税法”“一条鞭法”进行改革，尝试地租货币化，提高工商税，削减矿税；三是衍生出“摊丁入亩”“火耗归公”“士绅一体当差一体纳粮”等制度，进一步遏制土地兼并，降低农民负担。

    同时，重开海禁，改市舶司为海关，设立海关监督，严厉打击民间走私特别是武装走私，改由朝廷主导海外贸易，确保白银大部流入国库（民间走私，得利者表面上为私贩，实则沿海士绅、官僚以及在朝廷中的代言人，这也是为何当时重开海禁屡屡难以执行的原因），加强对西方知识的学习利用。

    这三步措施直接导致士绅商贾收入大幅减少，引发了强烈反对，对此，万历皇帝在户部整合设立改革司、课税司，作为专门机构前往各地推行新政、收取工商税，各方势力对峙交涉许久，直至泰昌二年（1626年）才最终在大部分地区推广，并取得了初步成效，前后僵持将近二十年。

    军事方面，除了整饬武备，当务之急便是尽快遏制住关外日趋糜烂的局势，袁可立、熊廷弼、赵率教、贺世贤和李光荣等能臣被先后起用或重用。放弃宽甸六堡之事被搁置。

    当年十月，努尔哈赤按计划率众进京朝贡，嫡子褚英、代善，重臣费英东、额亦都等随行。万历皇帝遣礼部设宴款待，并着福王与王妃陪宴。

    席间，努尔哈赤饮酒甚酣，酩酊大醉，中途突然神情亢奋，手舞足蹈，一度更摆脱众人阻拦直冲至福王席前，对王妃出言不逊、言行轻佻，惹得福王大怒，当即令亲卫将其逮捕，一行众人也一并押送诏狱。